15 sites au total sont désignés « sites natura 2000 » dans le Lot-et-Garonne depuis le 29 décembre 2004 (date de parution au Journal officiel de l’Union Européenne) :

 Réseau hydrographique du Dropt,
 La Garonne,
 Réseau hydrographique du Lisos,
 L’Ourbise,
 Vallée du Ciron,
 La Gélise,
 L’Avance,
 Caves de Nérac,
 Carrières de Castelculier,
 Coteaux du ruisseau des Gascons,
 Coteaux du Boudouyssou et plateau de Lascrozes,
 Coteaux de Thézac et Montayral,
 Site du Griffoul et confluence de l’Automne,
 Coteaux de la vallée de la Lémance,
 Le Boudouyssou.

Les enjeux sont principalement des espèces piscicoles (toxostome, bouvière, saumon, lamproie, alose, esturgeon…), des chauves-souris (minioptères de Schreibers, Rhinolophe, Grand Murin…), des pelouses calcaires permettant une mosaïque de milieux différents… et… le vison d’Europe !

Etat d’avancement des 15 sites

DOCOB validés et animation en cours :

Coteaux de Thézac et Montayral - Vallée du Ciron - Coteaux du ruisseau des Gascons - Coteaux du Boudouyssou et plateau de Lascrozes - L’Ourbise

DOCOB en cours :

Caves de Nérac - Coteaux de la vallée de la Lémance - Carrières de Castelculier - La Gélise - Vallée de l’Avance - Site du Griffoul et confluence de l’Automne

DOCOB lancés en 2010 :

La Garonne - Le Boudouyssou

DOCOB à faire :

Réseau hydrographique du Lisos - Réseau hydrographique du Dropt

Pour ces 2 derniers sites interdépartementaux, le Préfet coordonnateur pressenti est celui du département de la Gironde.